◆入学式：初々しい新一年生が高等部へ入学（進学）してくる。高等部生徒の９割は中等部からのエスカレーター式の進学のため、有力部活動の新人勧誘はこの時点では一段落していることが多い。

◆遠足：春と秋の遠足では、バスを利用して県内または近隣府県の文化施設や自然公園などに出かける。目的地の選定などは学年会の下に設けられた特別委員会（生徒からなる）で行う。行き先は学年ごとに異なる。

◆球技大会：全校のクラス対抗球技大会。複数種目が行われ、種目ごとにチーム登録する。各種目ごとの順位に従ってクラスに得点が与えられ、総合優勝を決める。体育祭と並び、体育科の影響下に置かれており、どこまで生徒会の独自色を打ち出せるかに力量が問われる。

◆桔梗祭：城崎学園中等部及び高等部の合同文化祭で、文句無しの学園最大のイベント。毎年９月の中旬に土日の２日間行われることが慣例。学園関係者以外にも一般公開されている。桔梗祭期間中に生徒が拘束されるのは、開会式と閉会式だけで、それ以外は校内全域で展開している様々な企画に自由に顔を出すことができる。いわゆる「研究発表」のようなお堅い内容は少なく、クイズ大会や模擬店などの娯楽色の濃いものが多い。校外への外出は、物資補充などの必要性が認められた上で届け出が必要、となっているが、ここでいう「校内」は中等部と高等部、及びその間の遊歩道を含めているため、事実上出入り自由。この２日間は企画に必要な範囲内で「風紀を著しく害しない」服装が認められており、これが実質的な私服承認となっている。一部には私服、というよりも仮装をする生徒や女装・男装をする生徒も見受けられる。

◆後期生徒会役員選挙：生徒会執行部を選出する。候補者の立ち会い演説会に続き、投票の運び。近年、役員の固定化による執行部のサロン化が進んでいる。また、そのためか立候補者が減少傾向にあり、ポスト数に足らないことも。投票は一票制、無記名記号式で行う、と「生徒会役員選出規定」に明記されている。

◆文化鑑賞会：オーケストラや劇団、落語家などを招いて「芸術の秋」を堪能する。公演者の選定などは職員会（生徒活動振興部）の主導になっており、生徒のニーズとかけ離れていることも多いため、前理事長時代から見直しの声があった。現理事長が重視する行事の一つでもある。

◆修学旅行：２年生が、３泊４日の予定で出かける。２年生の学年会の下に修学旅行委員会が春先から設置され、生徒主導で行き先の選定からコース作成などが行われる。教師が助言・勧告を行いうる位置におり、あまりに修学旅行の趣旨にそぐわない場合には反対されるが、基本的には生徒案が通る。その性質上、行き先は国内に限られている。なお、同時期に１年生と３年生は秋の遠足に出かける。

◆スキー教室：冬休みに入った直後、１年生の志望者を対象に行われる。他県のスキー場まで行き、現地に４泊する。ほぼ一日中滑り続けるため、全くの初心者でも何とか格好は付くようになると言われている。

◆予餞会：３年生の卒業を前に、在校生が惜別の情を表し、歓送する会。春の新歓と同じく、体育館での舞台発表を中心としたプログラムになっており、新歓とは比較的時期も近いことからマンネリ気味で、企画者の力量が問われる。

◆卒業式：３年生が長くなじんだ学園を後にする。卒業生のうち城崎大学へ進学する者はほんの一握りであり、市内や近隣には大学が他にないことから、卒業後に市を離れるものも少なくない。なお、卒業式の日程は学年末試験の最中に位置している。

◆前期生徒会役員選挙：翌年度前期の生徒会役員を選出する。形式は後期選挙と同じだが、例年２年生（翌年度３年生）が会長ポストなどに立候補する。同じことは校内ほとんどの生徒の活動についても言え、前期いっぱい（桔梗祭まで）は３年生も「現役」として活動する。